Chociaż w Panamie istniały ruchy secesjonistyczne, gdy w XIX wieku była ona częścią Kolumbii, nie było uznanej flagi panamskiej. W 1903 r., Kiedy senat Kolumbii odrzucił proponowany traktat ze Stanami Zjednoczonymi, który przewidywałby budowę kanału panamskiego, Amerykanie wsparli panamski ruch niepodległościowy i utworzono Republikę Panamy.
Początkowo zaproponowano projekt flagi wykorzystujący kolory flagi kolumbijskiej. Składał się z równych poziomych pasków czerwonego i żółtego z niebieskim kantonem noszącym dwa połączone żółte słońca, symbolizujące połączenie dwóch połówek planety przez przyszły Kanał Panamski. Ostatecznie wybrany projekt flagi stał się oficjalny 4 lipca 1904 r.; podzielony był kwartalnie na dwie gwiazdki. Przypisywaną symboliką była przemiana dwóch głównych partii politycznych w rządzie (pierwotnie czerwony dla liberałów, niebieski dla konserwatystów i biały dla pokoju między nimi), chociaż kolory i gwiazdy wyraźnie wskazywały na wpływ flagi Stany Zjednoczone. Flaga Panamska została zaprojektowana przez Manuela E. Amadora, syna pierwszego prezydenta nowej republiki.
