Sobór Trydencki.
W maju 1536 r. Papież Paweł opublikował byka zwołania na swoją planowaną radę, która odbędzie się w Mantui. Upoważnił także wybraną grupę kardynałów do sporządzenia raportu o nadużyciach w kościele. Grupa ta, kierowana przez kardynała Gasparo Contariniego, potępiła wyświęcanie źle przygotowanych kapłanów, wybór niekompetentnych biskupów, gromadzenie dobrodziejstw oraz dekadencję zakonów, głoszenie i opiekę nad duszami. Raport wpadł jednak w ręce protestantów i został wykorzystany przez Lutra w gwałtownym ataku na Kościół Rzymski i papiestwo. Niemniej jednak papież realizował swoje plany zorganizowania soboru, który ma zostać otwarty 23 maja 1537 r. W Mantui. Z nieskończoną cierpliwością Paweł starał się przezwyciężyć opór cesarza, królów, prałatów i książąt, prorogując i odkładając otwarcie rady raz po raz w ciągu dziewięciu lat, ale w końcu udało mu się zainaugurować ją przez swojego legata, kardynała Giovanniego del Monte, w Trydencie, 13 grudnia 1545 r.
W związku z domaganiem się protestantów cesarz nalegał, aby rada ograniczyła się głównie do dyscypliny i reform. Niemniej jednak decyzja papieża o nadaniu pierwszeństwa kwestiom doktrynalnym, a podczas pierwszych sesji Sobór Trydencki wydał dekrety dotyczące kanonu Pisma Świętego, grzechu pierworodnego, usprawiedliwienia i sakramentów, a także reformy. Obawy przed zarazą i groźbą ataku zbrojnych sił protestanckich skłoniły papieża do zaakceptowania przeniesienia rady do Bolonii w lutym 1548 r. Ale cesarz zabronił hiszpańskim i niemieckim prałatom udania się do Bolonii, a papież musiał zawiesić sobór 17 września 1549 r. Niemniej jednak ten pierwszy etap Soboru Trydenckiego osiągnął znaczący krok naprzód, prowadząc do gruntownej reformy nauczania i dyscypliny Kościoła.
W całym swoim pontyfikacie papież Paweł często odwiedzał miejsca kłopotów w stanach papieskich i poza nimi. Był w Civitavecchia w 1535 i 1537; odwiedził Lukkę i Piacenzę w drodze do Nicei w 1538 r.; pojawił się w Perugii, aby spacyfikować miasto po tym, jak jego wojska złamały potęgę rodziny Colonna w 1540 r.; aw 1543 r. odwiedził Bolonię w drodze do Busseto, aby spotkać się z cesarzem.
