Biogeochemia, badanie zachowania się nieorganicznych pierwiastków chemicznych w układach biologicznych o zasięgu geologicznym w przeciwieństwie do geochemii organicznej, czyli badanie związków organicznych występujących w materiałach geologicznych i meteorytach, w tym o problematycznym pochodzeniu biologicznym. Tematy klasyfikowane w ramach biogeochemii i geochemii organicznej obejmują pochodzenie ropy naftowej, pochodzenie życia, skład prymitywnych atmosfer, poszukiwania biogeochemiczne złóż mineralnych, pochodzenie niektórych złóż rudy, chemię wód naturalnych, tworzenie gleby i chemię węgla. Prawie na wszystkie procesy geologiczne zachodzące na powierzchni Ziemi ma wpływ aktywność biologiczna.
