Bośnia z mieszaną populacją etniczną nigdy nie opracowała własnych charakterystycznych symboli narodowych. Na przykład pod kierowaną przez komunistów Jugosławią w latach 1946–1991–92 Socjalistyczna Republika Bośni i Hercegowiny po prostu użyła czerwonego sztandaru z małą wersją flagi narodowej Jugosławii w kantonie. W momencie ogłoszenia niepodległości 3 marca 1992 r. Nie istniała żadna flaga, która byłaby do przyjęcia dla Bośniaków, Serbów i Chorwatów. Rząd zdominowany przez Bośnię przyjął więc, jak miał nadzieję, neutralny symbol z dalekiej przeszłości. Wybrał herb używany przez króla Stjepana Tomaša (panującego w latach 1443–61), który przypisał największemu średniowiecznemu władcy bośniackiemu, Tvrtko I (1377–91). Niebieska tarcza z białym ukośnym paskiem oddzielającym sześć złotych fleurs-de-lis została umieszczona pośrodku białej flagi. Wykonanie artystyczne, oficjalnie przyjęte 4 maja 1992 r., Stworzył Zvonimir Bebek.
Ta flaga została odrzucona przez wielu Chorwatów i Serbów, gdy naród wpadł w wojnę domową. Porozumienia pokojowe podpisane w Dayton, Ohio, USA, pod koniec 1995 r. Uznawały podział kraju między Republiką Serbską a Federacją Bośni i Hercegowiny, często nazywaną federacją chorwacko-muzułmańską. Każde państwo miało swoje własne symbole, a Chorwaci nadal używali chorwackiej flagi zamiast flagi federacyjnej, ale flaga republiki z 1992 r. Była nadal uznawana na arenie międzynarodowej.
W porozumieniach z 1995 r. Wezwano do ostatecznego stworzenia flagi, która zastąpiłaby wzór z 1992 r., Ale ustawodawca krajowy był pod tym względem nieskuteczny. W ten sposób Organizacja Narodów Zjednoczonych ustanowiła nową flagę (4 lutego 1998 r.), Która nie może być symbolicznie powiązana z jedną grupą etniczną, religijną lub polityczną.
