Afrykańska Partia Niepodległości Gwinei i Zielonego Przylądka (PAIGC) znalazła gotowe wsparcie w tych portugalskich koloniach dla jej przesłania o postępie społecznym i gospodarczym poprzez rewolucję polityczną. W 1961 r. Przyjęła flagę nieco podobną do flag sąsiednich niepodległych krajów Gwinei i Ghany, które dyskutowały o przyszłej federacji krajów Afryki Zachodniej. Do ich panafrykańskiego czerwono-żółto-zielonego ruch wyzwolenia Gwinei Bissau dodał czarną gwiazdę na pasku wciągnika. Ten pasek i gwiazda odpowiadały geograficznie zachodnim regionom przybrzeżnym ze stolicą Bissau (od której pochodzi nazwa narodowa). Poziome paski w pozostałej części flagi oraz ich żółto-zielone kolory z grubsza odpowiadały sawannom na północy i lasom na południu.
Oficjalnie mówi się, że czarna gwiazda jest symbolem przywództwa PAIGC, a jej kolor nawiązuje do narodu afrykańskiego i jego determinacji do życia w godności, wolności i pokoju. Żółty interpretowano jako symbol żniwa i owoców pracy, zarówno w rolnictwie, jak i poza nim. Green przypomniał sobie rozległe dżungle i tereny rolnicze, które stanowiły źródło utrzymania dla ogromnej większości obywateli. Flaga partii zawierała także inicjały PAIGC, pomijane, gdy proklamowano niepodległość 24 września 1973 r. Portugalia nie uznała Gwinei Bissau ani jej flagi aż do swojej rewolucji w 1974 r.; niemniej jednak znaczna część Gwinei Bissau była już pod kontrolą PAIGC i jego flagi. Republika Zielonego Przylądka ostatecznie porzuciła marksistowską politykę PAIGC i zmieniła flagę narodową, ale Gwinea Bissau zachowała oryginalny projekt.
