Flaga została przyjęta przez Radę Terytorialną w 1967 r. Jej nierówne pionowe pasy są nazywane „kanadyjskim bladym”, ponieważ odpowiadają flagom kanadyjskim. (W heraldyce blady jest centralnym pionowym paskiem na tarczy, zwykle pokrywającym jedną trzecią lub mniej tego obszaru.) Zielony pasek w flagi Jukonu jest dla lasów terytorium, a niebieski dla rzek i jezior; biały jest dla arktycznego śniegu. Centralnym godłem jest oficjalny herb Jukonu, który został nadany terytorium 24 lutego 1956 r. Na mocy nakazu królewskiego. Ten herb został zaprojektowany przez komandora Alana B. Beddoe, natomiast flaga była koncepcją pana Lynna Lamberta, ucznia w Haines Junction.
W herbie widnieje pies Malamute, który był szeroko stosowany przy otwieraniu bogatego w minerały terytorium Jukonu na europejski dom. Falisty pionowy pasek na tarczy oznacza rzekę Jukon, czerwone trójkąty sugerują góry, a złote dyski odnoszą się do złota i innych minerałów. Krzyż Świętego Jerzego (Anglii), a także heraldyczny symbol futra i kwiat terytorialny (fireweed), uzupełniają projekt herbu.
