John Cotton (ur. 4 grudnia 1585 r., Derby, Derbyshire, Eng. - zm. 23 grudnia 1652 r., Boston, Massachusetts [USA]), wpływowy przywódca purytański z Nowej Anglii, który był głównie „nauczycielem” Pierwszego Kościoła Boston (1633–1652) po ucieczce przed prześladowaniami nonkonformistów przez Kościół Anglii.
Wykształcony w Trinity College, Cambridge, Cotton został wikariuszem kościoła parafialnego St. Botolph's w Bostonie, Lincolnshire, w 1612 roku i pozostał na tym stanowisku przez 21 lat. W tym czasie stopniowo stawał się bardziej purytański w swoim wyglądzie i przestał przestrzegać niektórych anglikańskich rytuałów religijnych podczas wykonywania swoich obowiązków. W 1632 r. Podjęto przeciwko niemu postępowanie prawne za jego nonkonformizm, aw lipcu 1633 r. Wyemigrował do kolonii Massachusetts Bay, gdzie został „nauczycielem” Pierwszego Kościoła Bostońskiego, pozostając nim aż do śmierci. Jego popularność w kolonii była nieograniczona, a jego wpływ zarówno w sprawach cywilnych, jak i kościelnych był prawdopodobnie większy niż wpływ jakiegokolwiek innego ministra w teokratycznej Nowej Anglii.
Cotton napisał kilka prac, które stanowią nieocenioną ekspozycję kongregacjonalizmu w Nowej Anglii, w tym Drogę Kościołów Chrystusowych w Nowej Anglii (1645) i Drogę kościołów kongregacyjnych oczyszczonych (1648). Katechizm, który napisał: „Mleko dla niemowląt”, zaczerpnięty z piersi obu testamentów (1646), był szeroko stosowany przez wiele lat w Nowej Anglii do nauczania religii dzieci.
