Klasyfikacja według „naturalnych znaków”
Linneusz nie uważał układu seksualnego za swój główny wkład w „reformację botaniki”, do której dążył. Jego główny wkład przyniósł w formie broszury Fundamenta Botanica (1736; „Podstawy botaniki”), która zawierała zasady i reguły, których należy przestrzegać przy klasyfikacji i nazewnictwie roślin.
W 1735 r. Linneusz spotkał Boerhaave, który przedstawił Linneusza George'owi Cliffordowi, miejscowemu angielskiemu kupcowi i bankierowi, który miał bliskie powiązania z holenderską Kompanią Wschodnioindyjską. Pod wrażeniem wiedzy Linneusza Clifford zaoferował Linneuszowi stanowisko kuratora swojego ogrodu botanicznego. Linneusz przyjął to stanowisko i wykorzystał tę okazję do rozszerzenia niektórych rozdziałów Fundamenta Botanica w osobnych publikacjach: Bibliotheca Botanica (1736; „The Library of Botany”); Critica Botanica (1737; „A Critique of Botany”), o nomenklaturze botanicznej; i klasy Plantarum (1738; „klasy roślin”). Zastosował ramy teoretyczne określone w tych książkach w dwóch kolejnych publikacjach: Hortus Cliffortianus (1737), katalog gatunków zawartych w kolekcji Clifforda; oraz Genera Plantarum (1737; „Genera roślin”), która zmodyfikowała i zaktualizowała definicje rodzajów roślin po raz pierwszy oferowane przez Tournefort.
Genera Plantarum był uważany przez Linneusza za jego ukoronowanie taksonomiczne. W przeciwieństwie do wcześniejszych prób innych botaników w zakresie definicji ogólnej, które poprzedzały zbiór arbitralnych podziałów, Genera Plantarum przedstawiła system oparty na czymś, co Linnaeus nazwał „naturalnymi charakterami” rodzajów - morfologicznych opisów wszystkich części kwiatów i owoców. W przeciwieństwie do systemów opartych na arbitralnych podziałach (w tym jego własnym systemie seksualnym), system oparty na naturalnych postaciach mógłby pomieścić rosnącą liczbę nowych gatunków - często posiadających różne cechy morfologiczne - napływających do Europy z zamorskich punktów handlowych i kolonii.
Jednak rozróżnienie Linneusza między sztuczną i naturalną klasyfikacją organizmów podniosło kwestię mechanizmu, który pozwolił organizmom popaść w naturalne hierarchie. Mógł tylko odpowiedzieć na to pytanie w odniesieniu do gatunków: według Linneusza gatunki miały podobną formę, ponieważ wywodziły się z tej samej pary rodzicielskiej stworzonej przez Boga na początku świata. Wielu współczesnych podzielało podobną koncepcję gatunkową. Jedną z takich godnych uwagi osobistości był francuski przyrodnik Georges-Louis Leclerc de Buffon, który w tym czasie był zaangażowany w podobny wszechstronny projekt historii naturalnej - chociaż Buffon wątpił w istnienie naturalnych rodzajów, porządków lub klas. Linneusz próbował wyjaśnić istnienie tych podziałów w kontekście hybrydyzacji; jednak kwestia naturalnych hierarchii nie uzyska satysfakcjonującej odpowiedzi, dopóki angielski przyrodnik Charles Darwin nie wyjaśni podobieństwa poprzez wspólne pochodzenie w swoim Origin of Species (1859).
