Seszele, niegdyś kolonia brytyjska, uzyskały niepodległość 29 czerwca 1976 r. Podniesiona wówczas flaga miała na przemian trójkąty niebieskiego i czerwonego, oddzielone białym krzyżem ukośnym. Być może nieprzypadkowo flaga ta była prawie dokładnie taka sama jak flaga Australasian United Steam Navigation Company, której statki regularnie odwiedzały wyspy na początku XX wieku. Flaga nie trwała długo: rewolucja miała miejsce 5 czerwca 1977 r. Pod przewodnictwem Zjednoczonej Partii Ludowej Seszeli (SPUP). Nowa flaga miała czerwono-zielone zielone poziome pasy oddzielone falistym białym pasem, który był taki sam jak flaga SPUP, z wyjątkiem pominięcia żółtego słońca w środku.
W 1993 r. Presja ze strony obcych mocarstw doprowadziła do demokratyzacji rządu. Partia rządząca straciła monopol w wyborach, a udział innych partii w rządzie doprowadził do żądania mniej partyzanckiej flagi narodowej. Parlament zatwierdził projekt uwzględniający kolory różnych partii w flagi, która została podniesiona 18 czerwca 1996 r. Kolory flagi to niebieski (dla nieba i morza), żółty (dla życiodajnego słońca), czerwony (dla ludzie i ich praca na rzecz jedności i miłości), biały (dla sprawiedliwości społecznej i harmonii) i zielony (dla ziemi i środowiska naturalnego).
