Tradycyjnie uważa się, że dźwięk grzmotu w wielu górach i dolinach Bhutanu jest głosem smoków, a kraj ten jest znany jako „Kraina Smoka Grzmotu” w swoim ojczystym języku. Jednak na wzór smoka flagi mogły mieć wpływ podobne projekty stosowane przez wieki przez sąsiadujących Chińczyków. Smok na fladze chwyta klejnoty, walcząc o bogactwo narodowe i doskonałość. Smok, który pierwotnie był zielony, jest teraz biały, co symbolizuje czystość i lojalność różnych grup etnicznych w kraju. Kolor żółto-pomarańczowy, który rząd Bhutanu oficjalnie opisuje jako żółty, symbolizuje moc króla, jako głowy świeckiego rządu, podczas gdy pomarańczowo-czerwony jest związany z Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) i Rnying-ma-pa (Nyingmapa) sekty buddyjskie i przy religijnym zaangażowaniu narodu.
Dokładna data wprowadzenia tej flagi nie jest znana, ale mogła mieć miejsce w 1971 r., Kiedy Bhutan wstąpił do Organizacji Narodów Zjednoczonych. Aż do lat 60. Bhutan był w dużej mierze zamknięty na świat zewnętrzny; stosunki zagraniczne były prowadzone przez Wielką Brytanię (1910–49) i Indie (od 1949 do 1960). Izolacja Bhutanu i brak wybrzeża ściśle ograniczały okoliczności, w których wymagana była flaga narodowa.
