Walka o wyzwolenie w Tanganice prowadzona była przez Afrykański Związek Narodowy Tanganiki, którego flaga miała poziomy trójkolorowy kolor zielono-czarno-zielony. Wybory potwierdziły powszechne poparcie dla organizacji, a władze brytyjskie zasugerowały zmodyfikowanie flagi partii w celu użycia jej jako flagi narodowej po uzyskaniu niepodległości 9 grudnia 1961 r. W tym czasie dodano żółte fimbriacje.
Pod rządami arabskimi Zanzibar długo nosił czerwoną flagę, ale reżim czarnego Afryki doszedł do władzy 12 stycznia 1964 r. Pod flagą czarnego, żółtego i niebieskiego. W następnym miesiącu rządząca partia afro-szirazi wprowadziła nową flagę narodową podobną do swojej. Poziome niebiesko-czarno-zielone paski oznaczały odpowiednio morze, lud i ląd, podczas gdy wąski biały pionowy pasek na wyciągu oznaczał pokój.
W kwietniu 1964 r. Kraje Tanganiki i Zanzibaru zjednoczyły się, a na początku lipca ich tradycje flagowe połączyły się, tworząc nową flagę narodową Tanzanii. Kolory flag zostały umieszczone po przekątnej dla odróżnienia. Większość ludności kraju jest symbolizowana przez czarny pasek, a zielony wskazuje na bogate zasoby rolnicze ziemi. Bogactwo minerałów znajduje odzwierciedlenie w wąskich żółtych granicach, podczas gdy Ocean Indyjski symbolizowany jest przez niebieski. Po zjednoczeniu Zanzibaru z Tanganiką flaga Zanzibaru nadal była używana lokalnie na tych wyspach.
