Trzeci dziedziniec
Zadaszona Brama Felicity prowadzi na trzeci dziedziniec lub dziedziniec wewnętrzny, w którym mieściła się prywatna rezydencja sułtana i wewnętrzna szkoła pałacowa. Tylko sułtan, członkowie jego rodziny, jego słudzy i okazjonalnie zatwierdzony gość mogli wejść. Odwiedzający sułtana mogli posunąć się tylko do sali audiencyjnej i musieli przestrzegać surowych obyczajów. Nie mogli nawiązać kontaktu wzrokowego ani mówić bezpośrednio do sułtana, ale zamiast tego spuszczali głowy, spuszczali oczy w dół i rozmawiali z tłumaczem sułtana.
Zanim Murad III przeniósł swoją rezydencję do haremu w XVI wieku, mieszkania sułtana znajdowały się na trzecim dziedzińcu budynku często zwanym Komnatą Świętych Relikwii. Nazwa wywodzi się z roli repozytorium relikwii islamskich, w tym płaszcza, miecza i łuku proroka Mahometa, które wszystkie zostały uzyskane, gdy Selim I podbił dynastię Mamlūk w Egipcie w 1517 r., Przekazując kalifat Ottomanom.
Dormitoria stron królewskich, które były częścią hierarchii sług sułtana, znajdują się również na trzecim dziedzińcu. Większość stron rekrutowano jako chłopców z podbitych populacji chrześcijańskich za pośrednictwem systemu devşirme, w ramach którego chłopcy byli usuwani z rodzin jako forma podatku lub hołdu. Po otrzymaniu nowych nazwisk i nawróceniu na islam najzdolniejszym chłopcom przydzielono określone role i otrzymano rygorystyczne wykształcenie, jednocześnie zarabiając. Podążali za merytokracją i mogli osiągnąć tak wysokie pozycje jak wielki wezyr, ale wielu mężczyzn zostało uwolnionych w wieku 25 lat i poślubiło dziewczynę haremu lub córkę sułtana. W akademikach stron królewskich znajdują się teraz części kolekcji cesarskich. Na przykład portrety sułtanów znajdują się w Dormitorium Tajnej Komnaty, a garderoba cesarska w Dormitorium Obrońców. Wiele obiektów w obu kolekcjach pokazuje umiejętności rzemieślników pałacu, a także zmiany technik i mody. Widzowie mogą zobaczyć znaczną zmianę stroju w XIX wieku, na przykład poprzez garderobę i kolekcję portretów, kiedy europejski strój wojskowy zastąpił kaftan sułtana, a fez zastąpił turban.
Jedną z najbardziej znanych kolekcji pałacowych są klejnoty cesarskie, które mieszczą się w Pawilonie Zdobywcy, również na trzecim dziedzińcu. Wśród nich znajduje się tak zwany Diament Spoonmakera, jeden z największych szlifowanych diamentów na świecie, oraz szmaragdowy Topkapı Dagger, będący przedmiotem intrygi w filmie Topkapi z 1964 r. Podobnie jak w innych częściach kolekcji muzeum, kolekcja biżuterii potwierdza do wielkiego bogactwa Imperium Osmańskiego.
Centrum trzeciego dziedzińca zajmuje biblioteka sułtana Ahmeda III, która jest bogato zdobiona, podobnie jak wiele budynków pałacu, malowanymi kafelkami, witrażami i okiennicami z wkładką z masy perłowej i kości słoniowej. Księgozbiór został skonsolidowany z innymi książkami pałacowymi w XX wieku i przeniesiony do Meczetu w Aghas, który jest największym meczetem w pałacu i znajduje się w sąsiedztwie. Kolekcja Pałacu Topkapı zawiera rzadkie rękopisy, ilustrowane tomy i wczesne kopie Koranu, z których wszyscy badacze mogą oglądać w czytelni.
Czwarty dziedziniec
Trzeci dziedziniec rozciąga się na czwarty dziedziniec, który składa się głównie z tarasowych ogrodów i pawilonów. Znajduje się w nim bujnie urządzona komora obrzezania, pawilon Bagdad i pawilon Erywań. Jedną z najbardziej wyraźnych budowli czwartego dziedzińca jest osobliwy pozłacany brąz Iftar Pergola, w którym sułtani złamaliby swój post, gdyby Ramadan upadł latem. Wielu sułtanów osmańskich interesowało się kwiatami i ogrodnictwem, a czwarte ogrody na dziedzińcu są wypełnione tulipanami, tak jak byłyby za panowania osmańskiego.
Harem
Harem był mieszkaniem rodziny sułtana i był podzielony ściśle według płci. W XVI wieku stał się także rezydencją sułtana, kiedy Murad III miał tam wybudowane mieszkania. Podobnie jak reszta pałacu, harem był ciągle odnawiany i rozwijał się w zależności od potrzeb. Rezultatem jest raczej labiryntowy układ i wiele stylów architektury.
Aby wejść lub wyjść z haremu, mieszkańcy musieli przejść brukowanym dziedzińcem czarnych eunuchów do Bramy Głównej, zwanej także Bramą Królewską. Czarni eunuchowie strzegli haremu i prawdopodobnie zostali kupieni na targach niewolników w podbitych ziemiach i wykastrowani przed okresem dojrzewania. Podobnie jak strony królewskie, eunuchowie otrzymywali pensje i postępowali zgodnie z merytokracją, ale w przeciwieństwie do stron, tylko kilku eunuchów zostało uwolnionych. Ich dziedziniec, a także Komnata Skarbnika i Szkoła Książąt otaczały ten dziedziniec.
Za Bramą Główną znajduje się utwardzony dziedziniec Królowej Matki, największy i najbardziej centralny dziedziniec haremu. Królowa matka była centrum władzy w haremie. Zwana sułtanem Valide, była naczelną małżonką, której syn wstąpił na tron. Miała także znaczący wpływ na sułtana, który każdego ranka zatrzymywał się w swoich centralnie zlokalizowanych mieszkaniach, by informować ją o sprawach państwowych.
Apartamenty sułtana były połączone z apartamentami królowej matki poprzez dwuosobową łaźnię turecką w marmurkowym marmurze. Jedna strona łaźni tureckiej była zarezerwowana dla sułtana, a druga dla kobiet haremu. Reszta rezydencji sułtana obejmuje salę tronową i trzy tajne komnaty. Tajny pokój Murada III to najstarszy i najlepiej zachowany budynek w haremie, zaprojektowany przez jednego z najsłynniejszych architektów Imperium Osmańskiego, Sinana. Kopuła została bogato ozdobiona kafelkami Iznika i wersetami z kaligrafii recytującymi z Koranu. Kolejny prywatny pokój, zwany Fruit Room, został dodany przez Ahmeda III i jest nietypowo ozdobiony delikatnymi lakierowanymi owocami i kwiatami.
Synowie, córki, bracia i siostry sułtana również mieszkali w haremie i zajmowali jeden z setek pokoi haremu. Na przykład Bliźniacze Pawilony były prawdopodobnie mieszkaniami synów sułtana, począwszy od XVIII wieku.
Harem miał także pomieszczenia mieszkalne dla służących, konkubin i głównych małżonków sułtana, a pokoje były dostępne przez Galerię konkubin przy głównej bramie. Wiele z tych kobiet przybywało jako prezenty lub zakupy na targu niewolników, gdy były młodymi dziewczynkami, i podobnie jak reszta pracowników pałacu, kierowały się merytokracją. Podejmowali się służebnych zadań, otrzymując wynagrodzenie i szkolenie, aby zostać żoną jednej ze stron lub konkubiną sułtana. Gdyby została wybraną konkubiną, młoda kobieta mogłaby awansować w szeregach i otrzymać lepsze zakwaterowanie, zwłaszcza jeśli urodziła sułtanowi dziecko. Gdyby dziecko było mężczyzną, który wstąpił na tron, konkubina przyjęłaby wówczas najpotężniejszą pozycję haremu jako królowa matka. Większość dziewcząt haremu została jednak uwolniona w wieku 16 lub 17 lat i wyszła za mąż po treningu.
